项目的运行过程中，碟管式反渗透膜会在各种因素下，一段时间后出现压力上升、产水量及脱盐率降低等现象，这就是所谓的膜污染。具体可能是结垢，胶体污染，微生物污染中的一种或多种原因综合所导致。
在实际工作中，则可以根据计算机显示的数据来决定是否对DTRO膜进行清洗。具体的数据如下：
1.产水量不变时，运行压力是初始压力的1.1倍以上时；
2.运行压力不变时，产水量下降10%以上时。膜清洗主要分为物理清洗和化学清洗，后者比前者清洗的反应速度更快，清洗更为彻底，包括酸洗，碱洗和消毒剂清洗等。一般多采用先碱洗后酸洗的顺序交替清洗，方向从底部向上。
另外，由于污水从底部进入膜柱，致使污染物的浓度随着膜片层数的升高而升高，因此上层膜片反而更易被污染。一般膜柱中污染严重的也是上层的膜片。时间久了之后，一些膜片就会因污染太严重而出现破损，无法再保证正常的出水水质，此时就要对那些受损的膜片进行更换。
这里也可以根据电脑上的数据—膜柱的电导率来查找出需要更换膜片的膜柱。而DTRO膜只需要更换掉破损的膜片即可，对于未破损及污染程度较小的膜片，可以继续使用，从而降低了整个系统的运行成本。这也是DTRO系统的一大优势。